3 июня 1892 года в Рыбинске, в семье потомственных дворян Ярославской губернии родился будущий первый начальник Академии Воздушного Флота Советской России, летчик и авиаконструктор Александр Вегенер.
Мать, Варвара Платоновна (урожденная Мамонова), была дочерью русского дворянина.
Судьба ребенка была определена его отцом. Николай Густавович Вегенер, обрусевший немец, был кадровым офицером, полковником в отставке, участником Русско-турецкой войны 1877-1878 годов. И Александра направили на учебу в Псковский кадетский корпус. Затем — учеба в Николаевском инженерном училище Санкт-Петербурга, и в 20 лет молодой Вегенер — подпоручик 1-го Кавказского саперного батальона.
Он участвовал в Русско-японской войне, сражался в боях в районе Мукдена, где в феврале 1905 года был ранен. В 1906 году Вегенер окончил офицерский класс Учебного воздухоплавательного парка, в 1910 году — Николаевскую инженерную академию (ныне Военный инженерно-технический университет) в Санкт-Петербурге, в 1911 году — Авиационный отдел Офицерской воздухоплавательной школы (первый выпуск). Вегенер учился летать у «пионера авиации» Юрия Ульянина.
Летом 1911 года капитан Александр Вегенер, заведующий практическими занятиями в Гатчинской школе авиации, построил биплан Вегенера — 1. По схеме самолёт был похож на «Фарман-IV», но имел закрытые обтекателем места двух человек — ученика и инструктора — с выключаемым управлением ученика (возможно, впервые в мире), а также некоторые конструктивные улучшения. Самолёт использовался в школе в качестве учебного.
Военная энциклопедия под редакцией В.Ф. Новицкого, издаваемая в 1911-1915 годах, так писала о состоянии тогдашней авиации:
«Аэропланы существуют самых разнообразных систем, но для военной целей предпочитают последние образцы Фармана (биплан) и Блерио (моноплан), а в России разрабатываются новые системы Гаккеля и инженер-капитана Вегенера (бипланы). Установить наличное число их нет никакой возможности, т. к. оно весьма быстро меняется. Во всяком случае, по числу аэропланов и летчиков на первом месте стоите Франция, имеющая сейчас до 200 аэропланов, затем — Россия, имеющая около 100 аэропланов и на 3-м месте — Германия.
В отношении воздухоплавательных средств наиболее всего обеспечены Франция, затем Германия, а потом следуют Россия, Англия, Австрия, Италия и др»
Весь 1912 год Вегенер провел во Франции, практикуясь на авиационных заводах и школах. Военный лётчик (1913). В 1913 году командирован в Англию для участия в специальных опытах по стрельбе с аэропланов.
С начала Первой мировой войны командовал 14-й воздухоплавательной ротой 9 армии, отличился при обороне Ивангорода, в 1915 году — командир авиационной роты 4 армии. В 1916 году полковника Вегенера назначают начальником Главного испытательного аэродрома, а в 1917году — начальником Главного аэродром Херсона.
23 февраля 1918 года потомственный дворянин и офицер вступил в Красную Армию. В этом же году при Управлении Военного Воздушного Флота был создан совет Главного аэродрома, председателем которого Вегенер и был назначен.
С 1919 года он участвует в создании и работает преподавателем в Киевской школе авиационных техников-механиков КВФ Украины, затем в Главвоздухофлоте, а когда 7 июля 1920 года при Главном Управлении Воздушного флота создаётся летный отдел, становится его начальником.
30 сентября 1919 года Вегенер был избран членом коллегии летного отдела ЦАГИ. В 1920—1923 годах работал в Главном Управлении Воздушного флота и одновременно был постоянный член комиссии при Особом совещании Реввоенсовета СССР.
23 сентября 1922 года назначен первым начальником Академии военно-воздушного флота РККА им. Жуковского. В 1922—1927 годах Вегенер — профессор, начальник кафедры аэронавигации, старший руководитель ВВА им. Н. Е. Жуковского. Он опубликовал 8 книг и более 10 статей в журналах по вопросам аэронавигации, воздушных сообщений, оборудования аэродромов, летных испытаний самолетов.
10 июня 1927 года Александр Вегенер был арестован. 29 августа Коллегия ОГПУ по обвинению в контрреволюционной деятельности приговорила его к расстрелу. Приговор был приведен в исполнение 2 сентября 1927 года.
Александр Вегенер реабилитирован в 1993 году. Похоронен в Москве на Ваганьковском кладбище.