Сюжеты по истории ярославского краеведения, археографии, книжной и повседневной культуры являются определяющими в исследовательской и публикаторской деятельности Я. Е. Смирнова. Он – автор около 150 научных и популярных публикаций, в том числе 9 книг.
Я. Е. Смирнов – дважды лауреат областной премии за заслуги в развитии культуры и искусства в краеведческой номинации имени И. А. Тихомирова (1997, 2003), лауреат всероссийских конкурсов научных работ Росархива в области архивоведения, документоведения и археографии (1995, 1997, 1999, 2010). Труды Я. Е. Смирнова не раз удостаивались дипломов выставок-ярмарок «Книжная культура Ярославского края» Ярославской областной универсальной научной библиотекой имени Н. А. Некрасова в номинациях «Книга года» (2001) и «Лучшая книга о Ярославском крае» (2003, 2009). В 2010 г. редактируемый им журнал «Ярославская старина», издающийся Государственным архивом Ярославской области, был удостоен почетного диплома Фонда имени Д. С. Лихачева.
Новое издание книги Я. Е. Смирнова «Жизнь и приключения ярославцев в обеих столицах Российской империи», заметно расширенное и снабженное богатым иллюстративным материалом, выпущено в свет в 2010 г. петербургским издательством «Азбука» к 1000-летию Ярославля. В марте 2011 г. книга была удостоена диплома в номинации «Увлекательное краеведение» VII Всероссийского конкурса региональной и краеведческой литературы «Малая Родина», состоявшегося в рамках XIV Национальной выставки-ярмарки «Книги России».