Часовня была построена на средства русской женщины-благотворительницы Ирины Григорьевны Силаевой на месте обретения главы. Место на полу, где лежала честная глава, особо выделено мозаикой. По преданию, после усекновения главы Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, тело его было погребено учениками в самарийском городе Севастии, а честная глава сокрыта Иродиадой в бесчестном месте. Благочестивая Иоанна, жена царского домоправителя тайно взяла святую главу, положила ее в сосуд и погребла на горе Елеонской — в одном из поместий Ирода. Через много лет поместье это перешло во владение благочестивому вельможе Иннокентию, который стал строить там церковь. Когда копали ров для фундамента, был обретен сосуд с честной главой Иоанна Крестителя. Иннокентий узнал о величии святыни по бывшим от нее благодатным знамениям. Так произошло Первое обретение главы. Иннокентий хранил ее с величайшим благоговением, но перед своей смертью, боясь, как бы святыня не была поругана неверными, он снова скрыл ее в том самом месте, где обрел. Во второй раз святыня была обретена в 452 году, после того, как она была закопана в пещере, близ Емессы, арианским священником.
Приобретением участка на Елеонской горе Россия обязана архимандриту Антонину (Капустину) – выдающемуся церковному деятелю и начальнику Русской Духовной Миссии в Иерусалиме. В 1924 году Елеонская община по ходатайству митрополита Антония (Храповицкого), с благословения патриарха Иерусалимского Дамиана стала монастырем.
Официальный сайт Ярославской митрополии