Позднее Фоменко окончил ГИТИС, но и там от склонности к радикальным фантазиям его не отучили. Первые поставленные им серьезные спектакли — «Смерть Тарелкина» в Театре Маяковского и «Новая Мистерия-Буфф» в Театре Ленсовета — были сняты с репертуара после нескольких десятков показов. Советская театральная критика употребила по отношению к молодому режиссеру убийственную формулировку, назвав его «осквернителем праха русской классики».
После нескольких лет, в течение которых он перебивался совсем случайными заработками, Фоменко получил первую серьезную работу — стал сначала режиссером, а потом главным режиссером Ленинградского театра комедии, где проработал почти десять лет, с 1972 по 1981 год. Оттуда он также ушел из-за конфликта — на этот раз идеологического, с партийным руководством города.
После этого Фоменко вернулся в Москву и сделал для себя приоритетом педагогическую работу — стал преподавать в ГИТИСе, параллельно продолжая ставить спектакли в разных столичных театрах. Именно это стало первым шагом на пути к главному делу его жизни. Курс, который Фоменко набрал в 1988 году, по окончании обучения превратился не выпускников, как это бывает обычно, а в новый театр — ту самую Мастерскую Петра Фоменко, без которой с тех пор невозможно представить театральную Москву. Стихийно родившаяся идея создать театр дала жизнь одному из самых лучших, самых посещаемых и самых прославленных московских театров. Человек, которого когда-то называли «осквернителем», сам стал признанным классиком, основателем целой театральной школы, фигурой такого масштаба, что сейчас вполне можно сказать — закончилась целая эпоха...