За время развития дела ЮКОСа опальный олигарх стал объектом вдохновения для писателей, художников и музыкантов.
Михаилу Ходорковскому посвящено большое количество публицистики, однако он оставил свой след и в художественной литературе. Так, бизнесмен появляется в романе Сергея Доренко "2008", в котором выходит из тюрьмы и вместе с Эдуардом Лимоновым начинает руководить страной. Он считается прототипом опального миллиардера Дмитрия Белоключевского в романе Татьяны Устиновой "Олигарх с Большой Медведицы". Ее герой также выходит на волю, становится бомжом и находит настоящую любовь. А в романе Марины Юденич "Нефть" Михаил Ходорковский, узнаваемый под именем Леонид Лемех, умирает от аневризмы после неудачной попытки дать президенту взятку $15 млрд в обмен на власть. Один из персонажей повести "Чучхе" дуэта писателей Александра Гарроса и Алексея Евдокимова — олигарх Горбовский, перебравшийся за границу после разгрома властями его компании "Росойл". В "Политологе" Александра Проханова глава нефтяной империи "Глюкос" Арнольд Маковский проделал путь от властителя сибирских нефтяных угодий до узника "Матросской тишины". Упоминается опальный олигарх и в произведениях Сергея Минаева и Виктора Пелевина. Писатель Григорий Чхартишвили (Борис Акунин) также подумывал написать книгу о Ходорковском, однако потом "отставил эту идею", потому что "это слишком серьезно для беллетристики".